Сюжет разворачивается вокруг того, что действие фильма происходит в современной Японии и показывает историю семьи Тавара, последнего клана ниндзя. Семья отказалась от своих корней после инцидента в прошлом, но теперь семье предстоит пережить величайший кризис в истории Японии, который грозит потрясти нацию до основания