В центре сюжета — до того, как Химура Кеншин встретил Каору, он был грозным убийцей, известным как Хитокири Баттусай. «Руруни Кенсин: Начало» показывает историю молодого Кенсина, который стал убийцей номер один для Исин Сиши (который позже стал «эпохой Мэйдзи»), сражавшегося против сёгуната в последние дни эпохи Токугава, и о том, как он получил свой знаменитый знак «X» на левой щеке. На заре существования Химура Кенсина в роли Хитокири Баттусая он однажды встретил Юкиширо Томоэ, красивую молодую женщину, которая выглядит безмятежной, но всегда имеет грустное лицо. Баттусай и Томоэ полюбили друг к другу, но он не знал, что Томоэ несет в своем сердце огромное бремя, которое навсегда изменит жизнь Химуры Кеншина